Many years after the reign of Caesar, a young ape goes on a journey that will lead him to question everything he's been taught about the past and make choices that will define a future for apes and humans alike.

Thomas lidera os Clareanos fugitivos na sua missão final. Para salvar seus amigos, eles precisam invadir a lendária Última Cidade, um labirinto controlado pela WCKD que pode se tornar o mais mortal de todos.

Após escapar do labirinto, Thomas (Dylan O'Brien) e os garotos que o acompanharam em sua fuga da Clareira precisam agora lidar com uma realidade bem diferente: a superfície da Terra foi queimada pelo sol e eles precisam lidar com criaturas disformes chamadas Cranks, que desejam devorá-los vivos.

Num cenário pós-apocalíptico, uma comunidade de rapazes descobre que estão presos num labirinto misterioso. Juntos, terão de descobrir como escapar, resolver o enigma e revelar o arrepiante segredo acerca de quem os colocou ali e por que razão.