A paz é repentinamente quebrada quando as sirenes de alerta soam através da Soul Society. Os moradores estão desaparecendo sem deixar rastro e ninguém sabe quem está por trás disso.

Motoko Kusanagi e a Seção 9 encaram uma nova ameaça em 2045 neste filme que reconta a história da primeira temporada de Ghost in the Shell: SAC_2045.