Mike Fallon, o Accident Man, é um assassino muito frio, e é o melhor no que faz. Mas quando uma pessoa de quem gostava é arrastada para o submundo de Londres e assassinada por seus comparsas, Fallon é forçado a largar a vida que conhecia para vingar a única pessoa que realmente significava algo para ele.

Um acordo entre as grandes potências define a redução das ogivas nucleares no mundo todo, mas os Estados Unidos, comandados pela organização Cobra, desconsideram o acerto e dão ínicio a um plano de proporções alarmantes. Enquanto isso, seguindo as ordens do presidente americano (Jonathan Pryce), o esquadrão de elite G.I. Joe é acusado de traição e, após ser atacado brutalmente, tem vários de seus integrantes mortos em combate. Agora, os poucos que sobreviveram vão contar com a ajuda do criador dos G.I. Joe, Joe Colton (Bruce Willis), para, liderados por Roadblock (Dwayne Johnson), revidar o ataque em grande estilo.

Quando tudo parece falhar... Eles não falham! Eles são a equipe G.I. Joe, uma força de elite supersecreta com os melhores agentes de todo o mundo. Depois que uma arma secreta de alta tecnologia é roubada pela misteriosa e diabólica organização Cobra, os G. I. Joes correm contra o tempo para impedir Cobra de usar a arma e mergulhar o mundo no caos.

Enquanto resgatam a Rainha Amidala, governante de um planeta pacífico invadido por forças ameaçadoras, os Cavaleiros Jedi Obi-Wan Kenobi e Qui-Gon Jinn descobrem Anakin Skywalker, uma criança prodígio de 9 anos excepcionalmente poderosa na Força.